为人体提供营养
肠道菌群代谢过程中产生的一些物质对人体营养有重要意义。肠道菌群代谢可以产生短链脂肪酸，对于宿主的生理有重要的影响；双歧杆菌、乳杆菌等能合成人体声场发育所必需的维生素‘肠道菌群还能为人体提供蛋白质，合成非必需氨基酸，如天冬氨酸、丙氨酸和苏氨酸
参与人体重要代谢过程
肠道菌群可以参与人体的重要代谢过程，为人体的某些代谢过程提供各种酶和代谢通路。比如，肠道菌群可以把不溶性蛋白质转化为可溶性物质；将多糖转化为人体容易吸收的单糖；参与酪蛋白水解，氨基酸的脱羟基、脱氨基作用；参与胆汁和胆固醇代谢等。
另外，肠道菌群还能激活人体肝脏酶系统，对人体代谢外来化合物有重要意义；部分肠道菌群还能参与一些口服药物的代谢，使药物的活性或毒性发生改变；肠道菌群还能够产生超氧化物歧化酶，过氧化物酶和氧化氢酶等能够清楚自由基的酶
抗菌作用
肠道菌群在人体肠道粘附、定值和繁殖，形成一层“菌膜屏障”，使机体免受外来病原菌的侵袭；肠道菌群能与有害菌竞争营养物质，抑制其在肠道内繁殖；肠道菌群还可以产生抑菌物质，抑制病原菌生长
免疫作用
肠道菌群可以使宿主产生广泛的免疫屏障。乳杆菌和双歧杆菌能增强宿主的免疫功能；肠道菌群可以刺激宿主免疫系统的发育和细胞免疫的发生，使宿主固有的免疫系统区分机会致病菌和共生菌
影响脑功能和行为
肠道菌群能通过肠-脑轴调控宿主行为。肠-脑轴是由免疫、神经内分泌和迷走神经途径构成的肠道和脑之间的交流系统。肠道菌群通过肠-脑轴对宿主的应激反应、焦虑、抑郁和认知功能产生重要影响。平衡的场均群可以促进宿主的身心健康，肠道菌群失调则可能引发肠-脑疾病，如肠易激综合征、炎性肠道疾病和肝性脑病等，和中枢神经系统疾病，如多发性硬化症、阿尔兹海默症和自闭症等。
调节骨质密度
肠道菌群能通过调节免疫系统状态进而干预骨代谢，对骨量具有重要的调节作用，这些作用主要体现在迅速生长期，如骨量需求较大的青春期和骨量丢失比较明显的妇女更年期
抗癌作用
部分肠道菌群死亡后的菌体有降低腐败菌突变，致癌酶的作用；有些菌体能拮抗亚硝基胍的致癌作用；还有一些菌体能够直接抑制肿瘤生长。
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